協助新冠病毒研究 AMD 助力“大內存”HPC 集群

richard · 發表於 2020-11-6 12:13:47

新 CPU 發布即大賣，新 GPU 展露曙光，AMD 最近有點春風得意。如果說消費級市場已經逐漸趕超 Intel 和 NVIDIA，在高性能服務器及超級計算機市場 AMD 也開始發力了，畢竟在這裡有著更高的利潤。近期位於加利福尼亞州的勞倫斯 - 利弗莫爾國家實驗室(LLNL)使用 Epyc 處理器安裝了一個新的高性能計算(HPC)集群，這是一個特殊的定制產品，有著超乎尋常的"大內存"，現在正為今年的新冠病毒研究默默地做貢獻。

HEXUS 介紹了這個被稱為 Mammoth 的集群，這是由 AMD、LLNL 研究人員、Supermicro 和 Cornelis Networks 合作設計的。特別值得注意的是，雖然這個集群已經有足夠的運算處理能力，但它的重點是提供"大內存"計算能力。換句話說，它安裝的內存比人們對典型的 HPC 集群的認知要大得多。

Mammoth 使用了 64 台服務器，每台服務器配備了兩顆 AMD Epyc CPU。每個 Epyc CPU 有 64 個核心，擁有 128 個線程。Mammoth 總共有 8192 個處理器核心可用於計算（15384 個線程），峰值性能為 294TFLOPS。在重點的內存配置方面，Mammoth 集群的每台服務器都裝了 2TB 的 DRAM 和 4TB 的非易失性內存，因此可用的總內存是 128TB 的 DRAM，以及 256TB 的 NVRAM。這就是強調的"大內存"。

LLNL 的研究人員認為，Mammoth 的特殊配置將提供它們所需的計算效率，這對數據密集型的 COVID-19 研究和大流行病響應等項目可以更好地去優化。它將同時用於基因組學分析、非傳統的 HPC 模擬和圖形分析，這些都是從事 COVID-19 研究的科學家們所需要的，包括抗病毒藥物和設計抗體的開發。

研究人員已經通過 Mammoth 嘗試分析 SARS-CoV-2 病毒的基因組，探究該病毒如何進化，並研究突變的可能性。參與該項目的科學家表示，這套系統可以將基因組分析所需的時間從幾天減少到幾個小時。這個新集群其中一個具有價值是，Rosetta Flex 軟件在其他 HPC 集群上的內存限制為每個節點 12 或 16 個同時計算，但 Mammoth 可以在一個節點上同時處理 128 次 Rosetta Flex 計算。

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